Entre 1973 y 1981 desarrolló su actividad profesional en el Departamento de Economía y Finanzas de la Escuela de Organización Industrial; y de 1982 a 1984 trabajó en el Instituto de la Pequeña y Mediana Empresa Industrial.
En abril de 1984 pasó a desempeñar el cargo de subdirectora general de Análisis y Coordinación de la Dirección General de Gastos de Personal del Ministerio de Economía y Hacienda; y en octubre de 1985 fue nombrada directora general del departamento de Gastos de Personal, creado un año antes para acometer la reforma administrativa. Elena Salgado tenía como función modificar el sistema retributivo del personal de la Administración del Estado.
Asimismo, el 20 de febrero de 1987 fue nombrada directora general de Costes de Personal y Pensiones Públicas, en el Ministerio de Economía y Hacienda.
Por esta época fue también Vocal de los Consejos de Administración de Renfe, Hunosa y la Fábrica Nacional de la Moneda y Timbre.
El 12 de abril de 1991 fue nombrada, en Consejo de Ministros, secretaria general de Comunicaciones, en el Ministerio de Obras Públicas y Transportes, cargo que desempeñó hasta 1996.
Durante esos años también fue Presidenta del Consejo de Administración de Correos y Telégrafos, presidenta de la sociedad Hispasat y representante del Estado en el Consejo de Administración de Telefónica.
El 12 de enero de 1996 fue nombrada directora general de la Fundación Teatro Lírico -encargada del Tatro Real y del de la Zarzuela- en virtud de un acuerdo entre la ministra socialista de Cultura, Carmen Alborch, y el presidente de la Comunidad de Madrid, Alberto Ruiz Gallardón.
Sin embargo, tras el triunfo del PP en las elecciones de marzo de 1996, el nuevo secretario de Estado de Cultura, Miguel Angel Cortés, pidió la dimisión de Salgado, a lo que ella se negó. Esto originó una polémica que duró varias semanas y que finalizó el 9 de julio cuando Elena Salgado fue cesada tras una reunión del Patronato de la Fundación en la que se suprimió el cargo de director general y sus funciones fueron asumidas por una comisión ejecutiva de tres miembros constituída por el ministro de Educación y Cultura, el director del INAEM y un vocal del patronato designado por la Comunidad de Madrid.
Salgado recurrió judicialmente el cese, aduciendo razones de discriminación ideológica, pero su demanda fue rechazada por las sucesivas instancias judiciales.
En marzo de 2003 fue nombrada consejera delegada de Vallehermoso Telecom, puesto que ocupó hasta septiembre de ese año.
En septiembre de 2003 pasó a ser presidenta de la compañía de información telefónica "11811", filial de la multinacional alemana Telegate AG.
El ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba, junto a la nueva ministra de Economía, Elena Salgado.
Tras la victoria socialista en las elecciones generales de marzo de 2004, el 17 de abril Salgado fue nombrada ministra de Sanidad y Consumo por el nuevo presidente del Gobierno, José Luis Rodriguez Zapatero. Y al día siguiente prometió el cargo, en el que sustituyó a Ana Pastor.
Entre las leyes más destacadas aprobadas durante su mandato al frente de la sanidad española figuran las del Tabaco, Reproducción Asistida, Medicamento e Investigación Biomédica.
Salgado impulsó también la estrategia NAOS para luchar contra la obesidad, especialmente la infantil; en marzo de 2005 presentó un documento de trabajo para intentar frenar el consumo de drogas, principalmente entre los jóvenes; y en marzo de 2006, puso en marcha el Plan de Calidad del Sistema Nacional de Salud, que pretende reducir los errores de medicación, las infecciones hospitalarias o los efectos adversos de la anestesia.
Durante el año 2005 tuvo que hacer frente a problemas como la alarma desatada por la gripe aviar, la intoxicación por salmonela, que durante en verano de ese año afectó a cientos de personas y la crisis por los casos de sedación del Hospital de Leganés, caso en el que el Ministerio no intervino, aunque Salgado criticó la gestión del Gobierno madrileño.
En 2006, su departamento trabajó, entre otros temas, en la elaboración de proyecto de la Ley de Investigación Biómedica (aprobado por el Gobierno en septiembre); la puesta en marcha del Observatorio para la Prevención del Tabaquismo; y los decretos sobre la cartera de servicios comunes del Sistema Nacional de Salud, los bancos de células de cordón umbilical y el anisakis. Además, solicitó a la empresa Burger King la retirada de la campaña publicitaria de las hamburgesas XXL, por incumplimiento de los acuerdos de la estrategia NAOS.
En 2007 se firmó un acuerdo con el sector de la moda para homogeneizar las tallas de la ropa y promover una imagen saludable; se aprobó la creación de un Registro Nacional de Instrucciones Previas, adscrito al Ministerio de Sanidad, y se constituyó el Consejo Nacional de especialidades de Ciencias de la Salud.
También en 2007, el departamento dirigido por Salgado elaboró un anteproyecto de la Ley de Prevención del Consumo de Alcohol entre los Jóvenes que originó enfrentamientos con distintos sectores, en especial con el del vino, por lo que el Gobierno decidió interrumpir su tramitación.
Elena Salgado fue elegida, en mayo de 2005, presidenta de la 58 Asamblea Mundial de la Salud, convirtiéndose en el primer responsable de Sanidad español designado para dicho cargo en la historia de este organismo.
En septiembre de 2006 el Gobierno presentó su candidatura para ocupar la dirección general de la OMS, aunque finalmente la elegida fue la doctora china Margaret Chan.
El 6 de julio de 2007 fue designada Ministra de Administraciones Públicas sustituyendo en el cargo a Jordi Sevilla, mientras que al frente del Ministerio de Sanidad fue nombrado el investigador Bernat Soria. Salgado asumió su nueva cartera el 9 de julio.
Durante su etapa como ministra de Sanidad, Elena Salgado mantuvo en varias ocasiones posturas contrarias a las de la Conferencia Episcopal Española en temas como el uso del preservativo para frenar el sida, la ampliación de los supuestos legales para la interrupción voluntaria del embarazo o la selección genética con fines terapéuticos, supuesto éste incluido en la ley de reproducción asistida y que permite a padres con un hijo enfermo concebir otro sano que pueda salvar la vida del primero.
El 9 de marzo de 2008 fue elegida diputada del PSOE por Cantabria, después de aceptar la propuesta de la secretaria general de los socialistas cántabros, Lola Gorostiaga, para encabezar la candidatura del PSOE por esa provincia, en sustitución de Alfredo Pérez Rubalcaba que se presentó por Cádiz. Hasta entonces no había formado parte nunca de una candidatura, aunque había colaborado en varias campañas electorales de su partido.
Autora de numerosos estudios y artículos sobre temas retributivos, Elena Salgado fue la primera mujer galardonada con la Gran Cruz de la Orden del Mérito Militar, distinción concedida por el Gobierno a propuesta del Ministerio de Defensa, departamento en cuya reorganización colaboró desde 1984.
En mayo de 2005 recibió el premio a la personalidad más relevante del año en la lucha contra el tabaquismo, que le otorgó la Sociedad Española de Especialistas en Tabaquismo (SEDET). Y el 4 de septiembre de 2006 recibió el premio del Día Mundial sin Tabaco, concedido por la OMS.
Tiene una hija.