Estos ocho equipos quedarán emparejados con los que quedaron en el primer lugar de la fase de grupos en el sorteo del viernes y que partirán como cabezas de serie: AZ Alkmaar (NED), Djurgården (SWE), ?stanbul Ba?ak?ehir (TUR), Niza (FRA), Sivasspor (TUR), Slovan Bratislava (SVK), Villarreal (ESP) y West Ham (ENG).
Ningún equipo puede enfrentarse a otro equipo de la misma federación nacional. Las eliminatorias se juegan a dos partidos, con los cabezas de serie en casa en los partidos de vuelta
Los partidos de ida están programados para el 9 de marzo y los partidos de vuelta una semana después, el 16 de marzo. La final de la Liga Conferencia tendrá lugar en el Eden Arena de Praga el 7 de junio.
Anderlecht 2 (3) Ludogorets 1 (2)
Cluj 0 (0) Lazio 0 (1)
Partizan Belgrado 1 (2) Sheriff 3 (3)
Dnipro-1 0 (0) AEK Larnaca 0 (1)
Gante 1 (2) Qarabag 0 (1)
Fiorentina 3 (7) Sporting Braga 2 (2)
Lech Poznan 1 (1) Bodo/Glimt 0 (0)
Basilea 2 (2) Trabzonsport 0 (1)