Aunque desde PNV y PSE se ha explicado que su acuerdo persigue crear empleo, crecer económicamente, garantizar unos servicios públicos de calidad y consolidar una convivencia desde el reconocimiento y reparación de las víctimas, también han subrayado que se trata de un acuerdo para actualizar el autogobierno.
Es aquí donde aparecen algunos de los puntos del acuerdo que más interrogantes presenta, ya que, aunque se apunta que se hará desde el respeto a la legalidad, se buscará un "final ordenado" de ETA, el acercamiento de los presos de la banda terrorista al País Vasco o un nuevo estatuto de autonomía con aspectos tan controvertidos como el derecho a decidir o el reconocimiento de Euskadi como nación.
El punto de los cuatro del acuerdo PNV-PSE es el dedicado a "La convivencia y los derechos humanos", un asunto en el que el objetivo será "consolidar la paz y la normalización de la convivencia y contribuir, para ello, también en la materialización del fin definitivo de ETA".
Sobre el "final ordenado de la violencia", se apuesta por el apoyo a "la verificación de un calendario de desarme definitivo, que previamente incluya una declaración de ETA sobre su carácter irreversible e incondicional, como expresión de su voluntad de disolución".
Además, incluye una "propuesta de reorientación de la política penitenciaria que fije como objetivo fundamental la reinserción, atienda prioritariamente las problemáticas de mayor incidencia humanitaria y favorezca el acercamiento de presos" al País Vasco.
Por otro lado, el acuerdo de gobierno entre el PNV y el PSE-EE incluye que la ponencia creada en el Parlamento vasco hará un borrador de un nuevo estatuto de autonomía en un plazo de ocho meses. El apartado de autogobierno, que ocupa 10 de las 71 páginas del texto pactado, reconoce a los dos socios la "libertad para defender" en la ponencia de autogobierno sus "respectivos postulados y planteamientos en materia de autogobierno".
En el texto pactado, nacionalistas y socialistas no concretan una posición común sobre esta materia y solo mencionan las cuestiones que se debatirán en el Parlamento, como el "reconocimiento de Euskadi como nación" o el "reconocimiento del derecho a decidir del Pueblo Vasco y su ejercicio pactado en un marco de negociación y acuerdo dentro del ordenamiento jurídico vigentes en cada momento".