Garzón le ha imputado en la causa abierta en la Audiencia Nacional para investigar los atentados de Casablanca (Marruecos) de mayo de 2003 (sumario 9/03). Por su parte, Del Olmo procesó a El Haski en abril de 2006 como uno de los autores intelectuales del 11-M. Al parecer, El Haski estuvo en Afganistán y vivió en Siria. A mediados de 2004 se trasladó a Bélgica y de allí a Francia, donde se ocultó en los días previos al 11-M y dio grandes muestras de nerviosismo. En junio de 2005 fueron detenidos en las afueras de París dos sospechosos de haberle albergado.
Se le considera el responsable para Europa del Grupo Islámico Combatiente Marroquí (GICM), en el que ocuparía un alto cargo tras haber conseguido huir de las desarticulaciones llevadas a cabo en Francia (en junio 2004) y Bélgica (en marzo 2004). Sobre El Haski pesaba una orden de busca y captura dictada por Del Olmo a partir de una comisión rogatoria librada por la justicia de Bélgica. Un miembro del GICM detenido en Francia, Attila Turk, había señalado a El Haski como uno de los responsables del grupo para Europa, aunque lo situaba en Bélgica.
Según el auto de 21 diciembre 2004, de la investigación en Francia "se puede deducir que El Haski sabía que iban a ocurrir los atentados de Madrid, que pretendía esconderse y que, él mismo, manifestó que habían sido su grupo de España los autores". Del Olmo afirma que "dos personas hacen alarde de conocer los atentados y se atribuyen su comisión, 'Mohamed El Egipcio' (detenido en Italia), que, evidentemente, lo conocía y que seguramente fue apartado del grupo en el momento definitivo, y Hassan El Haski", quien también "desaparece de la escena" justo antes del 11-M.
En su declaración ante Garzón, El Haski reconoció haberse reunido a primeros de marzo de 2004 en Francia con varios miembros del GICM, entre ellos Attila Turk, "en cuyo domicilio se hospedó mientras permaneció en Francia en los días inmediatos a los atentados terroristas" del 11-M. Del Olmo afirma que el grupo desarticulado en Lanzarote "obedece seguramente a la intención del GICM de rehacer sus células en Europa, sobre todo tras la huida de sus miembros de España, tras el 11-M, y de las desarticulaciones de Francia y Bélgica". El auto añade que "un líder de máximo nivel", en referencia a El Haski, "estaba empezando a constituir, desde un lugar seguro (Lanzarote-Islas Canarias) una nueva estructura en Europa, con la intención (...) de hacerse con el liderazgo absoluto en el continente".
El juez Del Olmo se desplazó a París a finales de 2005 para interrogar a Attila Turk sobre El Haski. El 26 de diciembre 2005, un juez marroquí interrogó en Madrid a El Haski sobre los atentados en Casablanca, con 45 muertos (mayo de 2003). El 3 de marzo 2006, su hermano Lahoussine el Haski fue uno de los condenados en Bélgica, junto a Abdelkader Hakimi, a siete años de prisión por dirigir el GICM y prestar apoyo logístico a miembros del grupo tras los atentados del 11-M y de Casablanca. A esa célula belga del GICM, desarticulada en 2004, también pertenecían Yousef Belhadj, presunto autor intelectual del 11-M extraditado por Bélgica a España, y el hermano de éste Mimoun Belhadj (encarcelado en Marruecos).
En el juicio en Bruselas, el acusado Rachid Iba reconoció que viajó a finales de 2003 a Turquía con Hassan El Haski con objeto de falsificar el pasaporte de Iba en beneficio de Lahoussine, para que éste pudiera volver desde Siria a Bélgica. En noviembre de 2006, la fiscal de la Audiencia Nacional Olga Sánchez pidió para él 38.656 años de prisión por considerarlo uno de los autores intelectuales del 11-M.
La fiscal mantuvo que el hallazgo del ácido bórico en su domicilio de El Haski "es irrelevante para la investigación", y de las investigaciones sobre la posible autoría de ETA señala que "todas las cuales han dado resultado negativo". En el juicio del 11-M, celebrado en 2007, El Haski rechazó los cargos contra él y negó cualquier participación. En mayo declararon por videoconferencia tres amigos de El Haski encarcelados en Francia: Attila Turk y los hermanos Ahmed y Youssef M'Saad, quienes admitieron haber alojado a El Haski antes y después del 11-M, pero que éste estaba "normal". Turk negó sus declaraciones previas a la Policía de que éste "estaba muy nervioso y preocupado". En junio siguiente, la fiscal pidió para él 38.962 años como presunto autor intelectual de 191 delitos de asesinato y 1. 841 en grado de tentativa.
Finalmente, el 31 de octubre de 2007 fue condenado a sólo 15 años de prisión por pertenencia a organización terrorista en grado de dirigente. La Fiscalía solamente consideró probado que El Haski era responsable del GICM pero no inductor del 11-M, porque su condición de líder de este grupo, según el Tribunal, "no le hace responsable de forma automática de todos los atentados cometidos" por el mismo. Su defensa recurrió la sentencia y, el 17 de julio de 2008, el Supremo rebajó su condena a 14 años de prisión.
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