El obispo auxiliar de Madrid y portavoz de la Conferencia Episcopal Española (CEE), Juan Antonio Martínez Camino, advirtió en la nota episcopal de que la sociedad no puede reconocer a una organización terrorista como representante político de un sector de la sociedad. Camino comentó que no todos los programas "son igualmente compatibles con la fe y las exigencias de la vida cristiana, ni son tampoco igualmente cercanos y proporcionados a los objetivos y valores que los cristianos deben promover en la vida pública". El portavoz de la Conferencia Episcopal explicó que si bien los obispos respetan "el poder legítimamente constituido" tienen derecho a decir que en España hay leyes gravemente injustas y que deben ser cambiadas". El comunicado incidía en las habituales posiciones de la Iglesia, una relación con el derecho a la vida, al matrimonio y a ETA.
El PSOE entró "al trapo" de los obispos y manifestó que es "inmoral que los obispos, como el PP, utilicen el terrorismo para hacer campaña" y recordó que un obispo, Juan María Uriarte, actuó de intermediario durante el diálogo que mantuvo el Gobierno de Aznar con ETA. José Luis Rodríguez Zapatero añadió que consideraba que "existía un contrato entre el sector más duro y más radical de los obispos y el Partido Popular".
Entre otros portavoces, especialmente severas fueron las críticas del ministro de Exteriores, Miguel Ángel Moratinos, que calificó a la jerarquía eclesiástica de "fundamentalista e integrista". Mientras tanto, el propio Zapatero anunciaba un cambio de los acuerdos Iglesia-Estado si ganaba las elecciones.
¿Laicismo socialista o una estrategia electoral?El enfrentamiento entre Iglesia Estado no viene de las declaraciones cruzadas a partir del encuentro con las familias cristianas del pasado 30 de diciembre, ni de la reciente nota de la Conferencia Episcopal. El 14 de marzo de 2004 comenzaba la legislatura socialista, en la que se preveía la aprobación de leyes polémicas a las que se opondrían los sectores más conservadores y la Iglesia. La Ley de matrimonios homosexuales, la investigación con células madre, el divorcio exprés, la instauración de Educación para la Ciudadanía como asignatura obligatoria, o la revisión de la financiación estatal del clero son algunas de las reformas que más impacto han producido entre los bipolares sectores de la sociedad española.
"Más gimnasia, menos religión", reclamaba Zapatero durante un mitin electoral, el 8 de febrero de 2004. Esta pronta confrontación con la jerarquía eclesiástica permitió a muchos apreciar una presunta estrategia premeditada contra la Iglesia. De las crecientes diferencias entre Gobierno e Iglesia, el PSOE ha rentabilizado su política pro laica para conseguir el apoyo de los sectores más progresistas y radicales de la izquierda en los momentos más críticos de su mandato, bien por la ratificación de normativas polémicas, bien por la búsqueda del apoyo de determinados sectores en los procesos electorales. El ministro del Interior, Alfredo Pérez Rubalcaba abundaba en 2006 en que "la actitud de una parte de la Conferencia Episcopal ha sido injustamente beligerante durante los dos años de Gobierno".

A lo largo de estos 4 años, el Gobierno ha intentado mermar la influencia católica en España mediante declaraciones a favor del laicismo y la sucesiva supresión de referencias cristianas en documentos oficiales. El 25 de mayo de 2004, Josep Borrell, cabeza de la lista socialista en las elecciones europeas, rechazó la inclusión de alusiones a las raíces cristianas de Europa en la Carta Magna europea, en contra de la gran mayoría del Parlamento. "Detrás del cristianismo se esconden la Inquisición, la tortura, la quema de libros, la aberrante enseñanza moral de la Iglesia en materia sexual", argumentó el eurodiputado. Mientras las elecciones europeas se acercaban, se hacían públicas las instrucciones internas del PSOE, en las que se recomendaba: "Estudiar qué párrocos son más agresivos contra nosotros" (PSOE).
En ese mismo año, parte del partido encabezado por De la Vega impulsó una "hoja de ruta para conseguir la aconfesionalidad del Estado", lo que acabaría con su financiación y con la exhibición de sus símbolos en lugares públicos. El 10 de noviembre del mismo año, se crea el grupo de trabajo "Intergrupo por el laicismo" en el Congreso de los Diputados, para frenar las discrepancias católicas ante algunas medidas de Zapatero. También, la Plataforma Ciudadana por una Sociedad Laica creó un manifiesto en el que se pedía "la revisión de los acuerdos suscritos entre el Estado Español y la Santa Sede en 1979", calificados por el diputado Victorino Mayoral, presidente de la fundación CIVES, de "inconstitucionales" y de "limitadoras" al modelo que recoge la Constitución. En la celebración del aniversario de la Carta Magna en 2006, el PSOE aprovechó para publicar otro manifiesto laicista en el que se afirmaba que "la conciencia moral fundada en la religión no es capaz de fomentar la convivencia" y que "las religiones no favorecen la convivencia democrática". Zapatero aseguró que a partir de 2005 habría que acabar con "algunos privilegios de la Iglesia de forma transitoria".
Todos los ámbitos de influencia eclesiástica se han visto revisados en la legislatura. Tras la boda del Príncipe de Asturias con Letizia Ortiz, Gregorio Peces-Barba advirtió a la Casa Real de que "la pervivencia de la Institución peligraría, si seguía apareciendo de forma pública cerca de la Iglesia católica" e, incluso, el ex embajador en el Vaticano, Gonzalo Puente Ojea, afirmó que la Iglesia española está "acostumbrada al trato privilegiado y su actitud belicosa hacia el ejecutivo sólo se explicaba en términos de juego de poder". "La Iglesia hoy en día es un enemigo público", agregó con vehemencia.
PerseguidosEn este último período de la democracia, algunos socialistas se han visto sobrepasados por la radicalidad del Gobierno ante la cuestión religiosa por lo que han decidido desligarse de estas acusaciones. Guillermo Morán, concejal socialista de El Puerto de Santa María (Cádiz), dimitió de su cargo tras denunciar "la persecución a la Iglesia católica". La asociación "Cristianos por el socialismo" pidió a su partido "una política basada en el diálogo y la moderación". A estas declaraciones se sumó el diputado socialista Ramón Jáuregui, quién afirmó que "el PSOE debe superar un anticlericalismo desfasado y absolutamente incongruente con los tiempos".
Educación
En Educación, los socialistas también han impuesto su punto de vista sin contar con el consenso necesario en materias en las que la Iglesia todavía tiene una gran influencia. Por ejemplo, el 30 de abril de 2004 el Consejo de Ministros derogó de forma unilateral todo lo referente a la asignatura de Religión previsto en la Ley Orgánica Constitucional de Enseñanza (LOCE). El 20 de julio del mismo año, el Ministerio de Educación expulsó a la Escuela Católica del Consejo Escolar de Estado. Éste mismo consejo aprobó por sólo un voto una enmienda al plan de reforma educativa del Gobierno para eliminar la enseñanza religiosa de los colegios por considerarla en contra de la Constitución europea, así fue el 28 de junio de 2007 eliminó del temario escolar cualquier alusión a la moral cristiana y su historia en España.
Rosa Regás, ex directora de la Biblioteca Nacional, también se sumó a las reprobaciones. La ex directora de la Biblioteca Nacional aseguró en Valencia que la única manera para que los niños conozcan "la historia verdadera es asistiendo a una escuela laica, porque los colegios religiosos concertados manipulan la historia". Por su parte el portavoz del PSOE, José Blanco llegó a acusar de mentirosos a los obispos por afirmar que el Gobierno quería devaluar y convertir la religión en asignatura extraescolar con la LOE.
Presiones a los centros escolaresEntre los casos más llamativos destacan algunos amparados por la Ejecutiva socialista. Según una circular de la Federación de Religiosos de Enseñanza y Centros Católicos de Castilla-La Mancha, en Ciudad Real un inspector de la Conserjería de Educación pidió a los responsables de un centro de educación religioso que retirasen los símbolos católicos y que "en lo sucesivo prescindiesen de las oraciones de comienzo de la jornada y de cualquier otro acto de culto o de carácter confesional". Un hecho que no sorprende, teniendo en cuenta que el actual asesor de la ministra de Educación, Jesús Parra, prohibió, con el acuerdo de la Inspección, las clases de religión en el I.E.S. Carlos III de San Blas (Madrid). Otro acto polémico fue el sucedido en un colegio público de Mijas (Málaga), donde la consejera de Educación respaldó a la directora de un colegio público que tiró a la basura un Belén realizado por dos niños como actividad escolar.
En medio de este debate, el vicepresidente de la cámara europea, Miguel Ángel Martínez, lanzó una preocupante advertencia a Iglesia, en la que afirmó que su oposición a esta nueva materia "podría hacer que el Estado se replanteara la financiación de los colegios concertados".
Hace apenas unos meses, el 7 de agosto de 2007, la confrontación Estado-Iglesia llegó a uno de los momentos más críticos con la publicación en "El País" de un artículo de Gregorio Peces-Barba en el que acusó a la institución de llevar "años desafiando a las autoridades legítimas, a la ley y a la Constitución" y los responsabilizó de "la agitación que impide la paz social" y de ser "beligerantes contra la política del Gobierno y el progreso".
Zapatero se ha reservado un anuncio que preocupa a la Iglesia: "La Ley de Libertad Religiosa". Algunos aseguran que la reforma de la ley puede dejar entrever las aspiraciones del PSOE, ya que el Ministerio del Interior propuso en 2004 "el control de toda actividad religiosa del culto que sea". Aunque, según las personas cercanas al PSOE, aún no está definida la redacción de la norma, la notoriedad religiosa, sin duda, perderá puntos. Pero la Iglesia tiene argumentos para su defensa. Ya en 1940, el Concilio Vaticano aprobó la Declaración
Dignitates humanae, sobre el derecho de todas las personas a profesar libremente la religión.