Primer catálogo de bacterias presentes en la metástasis del cáncer

En el Instituto del Cáncer de los Países Bajos (Holanda), un equipo de investigadores ha completado el primer catálogo de bacterias presentes en la metástasis del cáncer. Este hito ha sido posible después de analizar minuciosamente 4.000 metástasis de 26 tumores.

Determinadas bacterias se relacionan íntimamente con una peor respuesta a la inmunoterapia, como señalan estos investigadores en Cell. En este sentido, recuerdan que las comunidades microbianas residen en múltiples nichos del cuerpo humano y son importantes moduladores del sistema inmunológico del huésped y de las respuestas a las terapias contra el cáncer.

Estudios recientes han demostrado que existen comunidades microbianas complejas dentro de los tumores primarios. Para investigar la presencia y relevancia del microbioma en las metástasis, este equipo se apoyó en metagenómica, genómica, transcriptómica y datos clínicos basados en mapeo y ensamblaje de un total de 4.160 biopsias de tumores metastásicos.

Identificaron tropismos de microbios específicos de órganos, enriquecimientos de bacterias anaeróbicas en tumores hipóxicos, asociaciones entre la diversidad microbiana y los neutrófilos infiltrantes de tumores, y la asociación de Fusobacterium con la resistencia al bloqueo de puntos de control inmunológico (ICB) en el cáncer de pulmón.

Además, el muestreo longitudinal de tumores reveló la evolución temporal de las comunidades microbianas e identificó bacterias agotadas con ICB. De esta forma, los científicos “generamos un recurso pan-cáncer del microbioma del tumor metastásico, que puede contribuir al avance de las estrategias de tratamiento”.

Es bien sabido que, tanto en la superficie como dentro del organismo, viven miles de millones de bacterias, virus y levaduras, que configuran el microbioma. Como explican estos investigadores, los necesitamos y ellos nos necesitan. Las bacterias, por ejemplo, ayudan a digerir los alimentos y cooperan con el sistema inmunológico para combatir los agentes patógenos.

Bacterias en metástasis

Pero estos diminutos cohabitantes también se alojan fuera del intestino. Las bacterias se encuentran, por ejemplo, en los tumores. Con nuevas técnicas, los investigadores mejoran a la hora de descubrir qué microbios son. Pero aún se desconoce en gran medida cómo llegan las bacterias a un tumor y qué hacen exactamente allí, lo que no deja claro su protagonismo en la enfermedad y el efecto de los tratamientos terapéuticos.

Este equipo de investigadores holandeses, dirigidos por Emile Voest y Lodewyk Wessels, analizaron esas metástasis en colaboración con expertos del Instituto Oncode, para conseguir el primer mapa de las bacterias presentes en las metástasis del cáncer.

En muestras de tejido de más de 4.000 metástasis de 26 tipos de cáncer, los investigadores analizaron el código del ADN presente. Explican que a partir de ese material genético, se puede ver no sólo qué células humanas hay allí, sino también las bacterias. Para conseguir este hito biomédico utilizaron información clínica y datos de ADN generados por la Hartwig Medical Foundation.

En total, los investigadores totalizaron unos cuatrocientos terabytes de información y, gracias a una potente plataforma informática, localizaron dónde se congregan las bacterias. Fue una tarea ardua ya que hay relativamente poco ADN bacteriano en un trozo de tejido de este tipo.

“Sorprendentemente, no sólo las metástasis del cáncer de colon contienen muchas bacterias. Se podría esperar eso porque la mayoría de nuestras bacterias residen en el colon, desde donde posiblemente podrían viajar durante la metástasis a otras partes del cuerpo. «Además, las bacterias presentes en una metástasis se relacionan fuertemente con su situación en el organismo y el tipo de cáncer”, afirma Thomas Battaglia, miembro del equipo.

Microbioma intratumoral

En conclusión, presentan el primer atlas pan-cáncer a gran escala de microbiomas intratumorales en cánceres metastásicos con datos WGS, transcriptómicos, clínicos y de resultados de tratamiento coincidentes.

Estos análisis muestran cómo las comunidades intratumorales varían entre sitios anatómicos, dependen del tipo de tumor primario, se asocian con la infiltración de células inmunes y se correlacionan con las respuestas al tratamiento, especialmente en el contexto de la inmunoterapia.

El equipo tiene la esperanza de que “nuestros datos sirvan como recurso comunitario importante para permitir estudios futuros sobre las funciones complejas y potencialmente abordables del microbioma intratumoral en los cánceres metastásicos”.

En las conclusiones de este trabajo, figura también el hallazgo de un vínculo entre las bacterias y la eficacia de la terapia. Los pacientes con cáncer de pulmón y Fusobacterium en sus metástasis, por ejemplo, respondieron peor a la inmunoterapia que otros pacientes sin esa bacteria. En este punto, Battaglia explica que también observaron que “cuanto más diversa es la comunidad bacteriana, más activas son las células tumorales adyacentes”.

En aras de la mayor transparencia y buen hacer, estos científicos de Holanda reconocen, al final de su estudio, que el mapa tiene limitaciones, ya que “donde estudios previos han demostrado repetidamente una diferencia convincente entre comunidades de tumores primarios y sanos emparejados, nuestra cohorte se compone exclusivamente de lesiones metastásicas y, por lo tanto, no puede evaluar directamente las diferencias potenciales con las comunidades sanas”.

“A pesar de nuestra alta profundidad de secuenciación -terminan-, existe la posibilidad de que no se tomen muestras de bacterias poco abundantes dada la baja biomasa”.

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